Родился в 1908 году в старинном балтийском городе Любек. Его семья едва сводила концы с концами, а мать часто боялась открывать счета, так как была не в состоянии их оплатить. В 15 лет Гюнтер ушел из дома, чтобы зарабатывать на жизнь самому и позволить матери поднимать других детей. Он вступил в самостоятельную жизнь в эру ужасного кризиса, когда один доллар США стоил 4 200 000 000 000 немецких марок. Заработав валюту в качестве гида на Лейпцигской международной ярмарке, Прин оплатил обучение в морской школе в Гамбург-Финкенвердере, называвшейся "фабрикой моряков". Здесь он приобрел основы морских знаний. Затем Прин устроился юнгой на пароход "Гамбург". Во время зимнего шторма пароход затонул, но Прину повезло: он сумел доплыть до ирландского берега. В течение нескольких лет Гюнтер Прин работал на разных судах, изучая свое ремесло. Благодаря трудолюбию и ценой огромных усилий он заработал капитанское удостоверение, но не смог найти для себя корабля. Торговый флот был разорен великой депрессией. Двадцатичетырехлетний капитан был вынужден завербоваться в Добровольную трудовую армию. Теперь он имел крышу над головой и пищу, но не получал никаких денег. Когда Прин узнал, что ВМФ набирает для пополнения резерва офицеров торгового флота, то не стал медлить с решением. В январе 1933 года он в качестве рядового матроса начал службу в Кригсмарине.

Прин снова пробился наверх. Он пошел в школу подводников, где познакомился и подружился с Вернером Хартманом, командиром U-26, взявшим его к себе. U-26 принимала участие в гражданской войне в Испании. В 1938 году Гюнтер Прин окончил курсы командиров-подводников и получил под команду U-47. К этому времени Прин уже женился и имел маленькую дочь. Однажды он шокировал своих товарищей по кают-компании следующим заявлением: "Я предпочел бы месячные маневры в Атлантике любому отпуску!".

Во время маневров в Бискайском заливе Прин отличился и обратил на себя внимание Карла Деница. 5 сентября 1939 года он потопил свой первый корабль - французский пароход. За ним Прин пустил на дно британские торговые суда "Рио Клара" и "Гэртэвон". Когда Прин вернулся на базу, Редер наградил его железным крестом 2-го класса и предоставил экипажу U-47 двухнедельный отпуск. 1 октября Прина вызвали на плавбазу "Вейхзель", стоявшую на рейде Киля, где он встретился с капитаном цур зее Деницем. Тот сразу перешел к делу: "Как ты думаешь, может решительный командир провести лодку в Скапа Флоу и атаковать корабли, стоящие там на якоре?" После короткой паузы Дениц добавил: "Я не требую немедленного ответа. Обдумай мои слова, свяжись со мной в среду и скажи свое мнение по этому поводу. Что бы ты ни решил, это не повлияет на твою репутацию. Ты же знаешь, какого мы высокого о тебе мнения".

Прин не знал, что и сказать. Скапа Флоу была главной базой британского Хоум Флита. Считалось, что проникнуть туда невозможно. Эта база, расположенная на Оркнейских островах, была связана с черной страницей в истории германского флота. Здесь после первой мировой войны кайзеровские офицеры затопили Атлантическую эскадру, интернированную англичанами. Победа, одержанная в таком месте, воодушевила бы рейх. Кроме того, во время первой мировой войны двум германским субмаринам удалось проникнуть в Скапа Флоу через заградительные сети, и больше их никто никогда не видел. Но Дениц имел информацию от капитана торгового судна, который за несколько недель до этого побывал в порту Керкуэлла, расположенного севернее Скапа Флоу, где слышал, что англичане перестали следить за восточным входом в пролив. Аэрофотосъемка подтвердила это сообщение. В противолодочных заграждениях был проход шириной 17 метров, через который опытный командир мог провести в гавань Скапа Флоу подводную лодку.

На следующий день лейтенант Прин доложил Деницу о готовности выполнить это задание. Атаку назначили на ночь с 13 на 14 октября.

Утром 13 октября Прин совершил погружение и сообщил экипажу его задачу. Несмотря на очевидную опасность, моряки с энтузиазмом встретили его слова. В 7.15 вечера Прин всплыл и увидел, что небо освещено сполохами северного сияния. Подавив ругательство, он решил действовать.

Медленно, преодолевая встречное течение, едва избежав столкновения с ограждением, U-47 незамеченной прокралась в Скапа Флоу. В 0.58 Прин увидел линкор "Ройял Оак" и старый авианосец "Пегасус" и с расстояния 4 тыс. ярдов выпустил 4 торпеды. Но один аппарат не сработал, а из 3 торпед только одна взорвалась у линкора. Никакой реакции со стороны британцев не последовало. Прин начал выписывать циркуляцию, заходя в новую атаку, а его люди заряжали 4 новые "рыбы".

Прин не знал, что британцы решили, что взрыв, не причинивший "Ройял Оак" никакого вреда, произошел внутри линкора, и поэтому не подняли тревоги.

В 1.16 Прин провел вторую атаку, выпустив по "Ройял Ок" еще 4 торпеды. Две из них взорвались, сдетонировали артиллерийские погреба. Прозвучал оглушительный взрыв, разорвавший линкор водоизмещением 31200 т на две части. В воздух полетели обломки, "Ройял Оак" опрокинулся и за 23 минуты затонул, унеся жизни командующего Ноте Fleet'ом адмирала Блэнгроува и 832 членов команды.

А незамеченная и совершенно беззащитная U-47, не погружаясь, в 2.15 прошла через проход в противолодочном заграждении и вышла в открытое море.

Когда U-47 в сопровождении двух эсминцев вошла в Вильгельмсхафен, ее встречали ликующая толпа, оркестр и делегация очень важных персон, возглавляемая гросс-адмиралом Редером, который поднялся на борт лодки и пожал руку каждому моряку (что было для него весьма нетипично). Он вручил каждому Железный крест 2- го класса. Прин должен был лично доложить фюреру о ходе операции. В полдень в Вильгельмсхафене приземлились FW.200 и Ju.52 - личные самолеты Гитлера, доставившие весь экипаж U-47 в Берлин. Когда на следующий день они приземлились в Темпельсхофе, все улицы по пути от аэродрома до Кайзерхофотеля были забиты толпой, оравшей: "Мы хотим Прина!" Гитлер принял их в рейхсканцелярии и наградил Прина Рыцарским крестом. Вечером в Винтергантер театре моряков принимал Геббельс. Затем они прошлись по ночным клубам, где в их честь на этот вечер был отменен запрет на танцы.

Гюнтер Прин стал кумиром рейха. Но слава смущала его. Письма от женщин, приходившие мешками, он просто выбрасывал, не читая, говоря, что он не кинозвезда. Прин любил попить пивка и поговорить с друзьями. По свидетельству знавших его, он обладал превосходным чувством юмора. Но на службе Прин преображался. Он и его офицеры беспощадно выговаривали подчиненным за малейшую ошибку. На борту U-47 царила железная дисциплина. Но боевой дух экипажа был высок. В конце 1939 года моряки нарисовали на боевой рубке быка, и Прина стали называть "Бык Скапа Флоу".

7 апреля, за три дня до вторжения в Норвегию, Прин получил радиограмму о том, что у него родилась вторая дочь, но эта новость никак не повлияла на его боевой настрой. Во время Норвежской кампании Прин познал все неприятности, связанные с "торпедным кризисом". В довершение всего, U-47 села на мель, повредила правый дизель и с трудом умудрилась дотянуть до базы. Комментируя произошедшее, Прин сказал Деницу, что "трудно воевать игрушечным ружьем".

Но Норвегия была завоевана, "торпедный кризис" миновал, и торпеды начали взрываться где надо и когда надо. Дениц снова отправил субмарины в Северную Атлантику, разделив их на боевые группы "Прин" и "Резинг". Прин получил задание атаковать конвой, когда тот будет возвращаться в Галифакс. Июнь 1940 года стал одним из самых удачных для германских подводников месяцем. Объединенными усилиями Кригсмарине и Люфтваффе потопили 140 судов (585496 т). Из них 10 процентов были на счету Прина. Общий тоннаж потопленных им кораблей составил 66587. Вторым в этот месяц стал Энгельберт Эндрас (бывший старпом Прина), потопивший 54000 тонн.

Период с июня по октябрь стал звездным часом для германских подводных асов, таких, как Прин, Кречмер, Эндрас и другие. Лучшим был, конечно, Прин, потопивший 200000 т и ставший пятым германским офицером, получившим Дубовые Листья к Рыцарскому кресту (После войны, когда все точно подсчитали, выяснилось, что Прин потопил 160939 т). Но его вскоре превзошел Отто Кречмер, командир U-99, который стал ведущим подводным асом Кригсмарине, потопив 44 корабля (266629 т).

В ночь с 17 на 18 октября Прин во главе "волчьей стаи" из 4 лодок напал на британский конвой. В результате британцы потеряли 8 судов. Все подлодки остались целы.

8 марта Прин атаковал конвой ОВ-293, следовавший из Ливерпуля в Галифакс. Субмарины потопили 2 корабля, но и их потери были огромны. Лодка Ханса Экррмана была повреждена так сильно, что вынуждена была всплыть и уходить в Лорейн. Корветен-капитан Иоахим Мац вынужден был затопить свою U-90. Даже U-91 под командованием Отто Кречмера пришлось спасаться бегством от кораблей эскорта, который вел командор Джеймс Ройлэнд по кличке Росомаха.

Упрямый Гюнтер Прин продолжал атаковать конвой и потопил 28-й корабль. Но тут удача изменила ему. Вдруг прекратился дождь, облака разошлись и выглянуло закатное солнце, осветив U-47 прямо перед носом у Росомахи. Прин немедленно погрузился, но Ройлэнд моментально сбросил серию бомб. Промахнуться он не мог. U-47 была сильно повреждена. Прин вынужден был оставаться под водой до наступления темноты и всплыл в нескольких милях от места первоначального погружения. Тут же на него бросился Росомаха. U-47 стремительно погрузилась в воду. Больше она никогда не всплыла. Взрыв глубинной бомбы разорвал лодку на части. Через несколько минут на поверхности показались обломки, мусор и пятна мазута - верный признак того, что лодка погибла. Не спасся никто.

Некоторое время ОКМ скрывало от народа эту удручающую новость, придержав ее до 23 мая, когда Прин был посмертно произведен в фрегатен-капитаны.